Chi tiết quy trình thực hiện thủ tục nhập khẩu phân bón hữu cơ & vô cơ về Việt Nam

Công ty bạn có kế hoạch làm thủ tục nhập khẩu phân bón từ nước ngoài về Việt Nam nhằm phục vụ sản xuất hoặc kinh doanh? Phân bón là mặt hàng kinh doanh có điều kiện, chịu sự quản lý chặt chẽ của Bộ Nông nghiệp và Phát triển Nông thôn. Do đó, việc nắm rõ và thực hiện đúng quy định nhập khẩu không chỉ giúp lô hàng được thông quan nhanh chóng, mà còn hạn chế phát sinh rủi ro về pháp lý và chi phí. Cùng theo dõi bài viết dưới đây cùng Finlogistics để tìm hiểu chi tiết nhé.

Phân bón là hợp chất hoặc hỗn hợp chứa các chất dinh dưỡng cần thiết nhằm bổ sung và nuôi dương cây trồng

Thủ tục nhập khẩu phân bón dựa trên những cơ sở pháp lý quan trọng nào?

Tất tần tật quy trình làm thủ tục nhập khẩu phân bón tại Việt Nam dựa trên nhiều cơ sở pháp lý quan trọng, chủ yếu đến từ các Nghị định và Thông tư Chính phủ, do Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn và Bộ Tài chính quản lý, bao gồm:

• Luật Trồng trọt năm 2018 (Luật số 31/2018/QH14): đặt ra những khuôn khổ pháp lý chung cho hoạt động liên quan đến trồng trọt, bao gồm cả việc quản lý mặt hàng phân bón
• Nghị định số 84/2019/NĐ-CP, thay thế & bổ sung cho Nghị định số 108/2017/NĐ-CP: quy định cụ thể về việc quản lý phân bón nhập khẩu, bao gồm những điều kiện & thủ tục liên quan đến: Công nhận lưu hành phân bón; Giấy phép nhập khẩu phân bón; Kiểm tra Nhà nước về Chất lượng đối với các loại phân bón;…
• Thông tư số 04/2020/TT-BNNPTNT: quy định chi tiết về Danh mục phân bón được phép lưu hành rộng rãi tại Việt Nam cùng những hướng dẫn chi tiết về chuyên môn
• Luật Hải Quan số 54/2014/QH13: quy định chi tiết về thủ tục Hải Quan chung, kiểm tra & giám sát Hải Quan đối với hàng hóa xuất nhập khẩu
• Thông tư số 38/2015/TT-BTC và Thông tư số 39/2018/TT-BTC (thay thế & bổ sung): ban hành hướng dẫn chi tiết về hồ sơ & thủ tục Hải Quan, kiểm tra & giám sát Hải Quan; quản lý thuế xuất nhập khẩu đối với các loại hàng hóa, gồm cả phân bón nhập khẩu
• Nghị định số 43/2017/NĐ-CP và Nghị định số 111/2021/NĐ-CP (thay thế & bổ sung): quy định chi tiết liênq quan đến nhãn dán hàng hóa, yêu cầu hàng hóa phải được dán nhãn mác đầy đủ và chính xác trước khi lưu hành tại Việt Nam

Do là mặt hàng nhập khẩu có điều kiện và chịu sự quản lý chuyên ngành chặt chẽ từ Hải Quan và Bộ NN&PTNT, nên các doanh nghiệp làm thủ tục nhập khẩu phân bón cần chú ý một số quy định cụ thể sau đây:

1. Thủ tục Công nhận lưu hành phân bón

Đây là điều kiện “tiên quyết” đối với phần lớn các loại phân bón khi nhập khẩu lần đầu (theo Nghị định số 84/2019/NĐ-CP), nhằm bảo đảm phân bón nhập khẩu đạt đủ các tiêu chuẩn chất lượng, an toàn và phù hợp với điều kiện thổ nhưỡng, canh tác tại Việt Nam.

Doanh nghiệp cần nộp hồ sơ đăng ký và sẽ do Cục Bảo vệ thực vật (thuộc Bộ NN&PTNT) ra Quyết định công nhận phân bón lưu hành tại Việt Nam. Lưu ý, thủ tục này bao gồm cả việc khảo nghiệm (đối với phân bón mới) và kéo dài khoảng 3 – 6 tháng (hoặc hơn), tùy thuộc vào từng loại phân bón và yêu cầu khảo nghiệm. Chỉ một số loại phân bón vô cơ phức hợp/hỗn hợp đáp ứng Quy chuẩn kỹ thuật quốc gia thì mới được miễn bước Công nhận lưu hành.

2. Thủ tục Kiểm tra Nhà nước về Chất lượng

Tất cả các lô hàng phân bón nhập khẩu (trừ trường hợp được miễn giảm kiểm tra) đều bắt buộc thực hiện thủ tục này tại cửa khẩu hoặc kho bãi của doanh nghiệp trước khi thông quan, do Cục Bảo vệ thực vật (hoặc Tổ chức được Cục chỉ định) quản lý. Doanh nghiệp thường sẽ được phép làm thủ tục vận chuyển hàng về kho bãi để bảo quản trong thời gian chờ Kết quả Kiểm tra chất lượng nhằm giảm bớt chi phí lưu container tại cảng.

3. Thủ tục xin cấp Giấy phép nhập khẩu

Phân bón nhập khẩu không nằm trong Danh mục hàng hóa bị cấm, tuy nhiên một số trường hợp đặc biệt vẫn cần phải xin Giấy phép nhập khẩu từ Cục Bảo vệ thực vật, bao gồm:

• Phân bón để làm nguyên liệu sản xuất loại phân bón khác
• Phân bón để thử nghiệm, khảo nghiệm,…
• Phân bón làm hàng mẫu; quà tặng; tham gia hội chợ, triển lãm,…

Công nhận lưu hành và Kiểm tra chất lượng là 2 bước mà bạn cần ưu tiên để lô hàng được thông quan nhanh chóng

Tổng hợp mã HS code phân bón và thuế suất nhập khẩu chi tiết

Mã HS code phân bón là căn cứ duy nhất để Hải Quan áp dụng mức thuế suất thuế nhập khẩu cho hàng hóa của bạn. Do đó, nếu chủ quan trong việc tra cứu và lựa chọn sai mã HS, doanh nghiệp của bạn có thể bị truy thu thuế hoặc nộp thừa thuế, thậm chí có thể bị xử phạt. Ngoài ra, các chủ hàng còn có thể xác định các Chính sách Nhà nước và bộ hồ sơ nhập khẩu cho lô hàng phân bón của mình.

#Mã HS code

Dưới đây là bảng mã HS code phân bón mà Finlogistics tổng hợp giúp cho bạn đọc tham khảo:

#Thuế nhập khẩu

Dựa theo Biểu thuế xuất nhập khẩu hiện hành cùng mã HS tương ứng, mức thuế nhập khẩu phân bón mà doanh nghiệp của bạn phải chịu cụ thể như sau:

• Từ ngày 01/07/2025, mặt hàng phân bón chính thức chuyển sang diện chịu thuế giá trị gia tăng (VAT) là 5% (theo Luật thuế GTGT sửa đổi năm 2024)
• Thuế nhập khẩu ưu đãi (MFN) cho các loại phân bón rất đa dạng, phổ biến từ 0 – 9%, tùy thuộc vào từng mã HS code cụ thể
• Thuế nhập khẩu ưu đãi đặc biệt (FTA) có thể được giảm xuống 0% hoặc mức thấp hơn, nếu lô hàng được nhập khẩu từ các quốc gia/khu vực có Hiệp định Thương mại Tự do (FTA) với Việt Nam (như Trung Quốc – ACFTA, ASEAN – ATIGA, Hàn Quốc – AKFTA, EU – EVFTA, CPTPP,…) và có giấy Chứng nhận xuất xứ (C/O) do nhà sản xuất cung cấp
• Nhiều mặt hàng phân bón nhập khẩu từ một số quốc gia (Trung Quốc, Hàn Quốc,…) như như DAP/MAP,… có thể phải chịu thêm thuế tự vệ nhằm bảo vệ ngành sản xuất trong nước

Việc xác định đúng mã HS sẽ quyết định đến chi phí, thời gian thông quan và sự hợp pháp của lô hàng phân bón

Thủ tục xin Quyết định Công nhận lưu hành đối với phân bón nhập khẩu

Thủ tục Công nhận lưu hành sản phẩm tại thị trường Việt Nam (Đăng ký lưu hành) là thủ tục bắt buộc đối với đa số các loại phân bón nhập khẩu lần đầu, nhằm bảo đảm an toàn và chất lượng. Phân bón muốn được Công nhận lưu hành cần đáp ứng những điều kiện sau:

• Đat đủ các chỉ tiêu chất lượng theo Quy chuẩn kỹ thuật quốc gia về chất lượng phân bón
• Có Kết quả khảo nghiệm đạt Tiêu chuẩn quốc gia (trừ những trường hợp được miễn khảo nghiệm theo Luật Trồng trọt)

#Hồ sơ xin cấp Quyết định Công nhận lưu hành

Doanh nghiệp làm thủ tục nhập khẩu phân bón cần chuẩn bị một bộ hồ sơ gốc (có thể nộp trực tuyến thông qua Cổng dịch vụ công hoặc bằng bản giấy) gồm những chứng từ sau:

• Phiếu đề nghị cấp Quyết định Công nhận lưu hành phân bón tại Việt Nam (mẫu 01, tại Phụ lục I ban hành kèm theo Nghị định số 84/2019/NĐ-CP)
• Bản thông tin chung về phân bón (có dấu xác nhận của nhà sản xuất), kèm theo Chỉ tiêu chất lượng và Hàm lượng yếu tố hạn chế trong phân bón (có phiếu Kết quả thử nghiệm chứng minh các Chỉ tiêu chất lượng)
• Bản chính Báo cáo Kết quả khảo nghiệm, dựa theo Tiêu chuẩn quốc gia về khảo nghiệm phân bón
• Giấy Chứng nhận lưu hành tự do (CFS) do cơ quan có thẩm quyền của quốc gia xuất khẩu cấp phép
• Các tài liệu chứng minh tính pháp lý và kỹ thuật: bản sao Giấy tờ pháp lý của cá nhân, tổ chức đăng ký; Hợp đồng ủy quyền của nhà sản xuất tại nước ngoài (nếu doanh nghiệp nhập khẩu không phải là nhà sản xuất);…

#Trình tự thực hiện thủ tục Công nhận lưu hành

Các doanh nghiệp làm thủ tục nhập khẩu phân bón thực hiện bước Công nhận lưu hành theo quy trình như sau:

• Bước 1: Cá nhân, tổ chức gửi một bộ hồ sơ đến cho Cục Bảo vệ thực vật (thông qua Cổng Dịch vụ công trực tuyến hoặc qua đường bưu điện/trực tiếp)
• Bước 2: Trong thời gian 03 ngày làm việc, Cục Bảo vệ thực vật sẽ tiến hành kiểm tra, đối chiếu hồ sơ. Nếu không hợp lệ, Cục sẽ thông báo bằng Văn bản để doanh nghiệp tự bổ sung, chỉnh sửa cần thiết
• Bước 3: Trong thời gian 03 tháng, tính từ ngày nhận đủ hồ sơ hợp lệ, Cục Bảo vệ thực vật sẽ tổ chức thẩm định nhằm đánh giá hồ sơ
• Bước 4: Nếu hồ sơ đáp ứng đầy đủ theo quy định, Cục Bảo vệ thực vật sẽ ban hành Quyết định Công nhận lưu hành tại Việt Nam cho lô hàng phân bón nhập khẩu. Quyết định này sẽ có hiệu lực trong vòng 5 năm và có thể được gia hạn. Nếu không công nhận, Cục sẽ gửi Văn bản trả lời và nêu rõ lý do.

Sau khi có Quyết định Công nhận lưu hành, doanh nghiệp của bạn mới có đủ căn cứ pháp lý để tiến hành bước Kiểm tra Nhà nước về chất lượng.

Hướng dẫn từng bước làm thủ tục xin Quyết định Công nhận lưu hành đối với các loại phân bón

Thủ tục đăng ký Kiểm tra Nhà nước về chất lượng đối với phân bón nhập khẩu

Thủ tục Kiểm tra Nhà nước về chất lượng cho phân bón nhập khẩu là bước bắt buộc nhằm thông quan lô hàng tại cửa khẩu Việt Nam. Quy trình này được quy định cụ thể tại Điều 21, Nghị định số 84/2019/NĐ-CP, Cục Bảo vệ thực vật quản lý và các Tổ chức uy tín được chỉ định thực hiện.

#Hồ sơ đăng ký làm Kiểm tra Nhà nước về chất lượng

Doanh nghiệp làm thủ tục nhập khẩu phân bón cần nộp một bộ hồ sơ đến cho Cơ quan Kiểm tra Nhà nước (Tổ chức uy tín được Cục Bảo vệ thực vật ủy quyền) tại cửa khẩu hoặc nơi lưu giữ lô hàng, gồm những chứng từ sau:

• Phiếu đăng ký Kiểm tra Nhà nước (mẫu 16, tại Phụ lục I ban hành kèm theo Nghị định số 84/2019/NĐ-CP)
• Bản chụp các tài liệu: Tờ khai Hải Quan, Hợp đồng mua bán (Sales Contract); Hóa đơn thương mại (Commercial Invoice); Vận đơn (Bill of Lading/AWB/RRB); Bản kê chi tiết hàng hóa (Packing List);…
• Bản chụp Quyết định Công nhận lưu hành đối với mặt hàng phân bón nhập khẩu tại Việt Nam 
• Bản chụp Phiếu kết quả thử nghiệm của nhà sản xuất hoặc của Tổ chức thử nghiệm được công nhận tại nước ngoài (nếu có)

#Trình tự thực hiện Kiểm tra Nhà nước về chất lượng

Quy trình Kiểm tra Nhà nước yêu cầu các doanh nghiệp làm thủ tục nhập khẩu phân bón thực hiện theo các bước sau đây:

• Bước 1: Cá nhân/Tổ chức nộp hồ sơ trực tiếp đến cho Cơ quan Kiểm tra Nhà nước (hoặc nộp trực tuyến thông qua Cổng dịch vụ công quốc gia/Cổng Bộ NN&PTNT hoặc bằng đường bưu điện)
• Bước 2: Trong vòng 01 ngày làm việc, Cơ quan Kiểm tra Nhà nước sẽ kiểm tra và đối chiếu tính đầy đủ và hợp lệ của bộ hồ sơ. Nếu tất cả hợp lệ, Cơ quan sẽ sẽ đóng dấu xác nhận vào Phiếu đăng ký.
• Bước 3: Cơ quan Kiểm tra sẽ tiến hành: Kiểm tra thực tế tính phù hợp của lô phân bón so với bộ hồ sơ (nhãn mác, số lượng…) và lấy mẫu đại diện tại cảng/kho bãi để gửi đi thử nghiệm (mẫu vật cần phải được niêm phong và lập biên bản)
• Bước 4: Mẫu đại diện sẽ được gửi đến Phòng thử nghiệm được chỉ định để tiến hành bước phân tích tất cả các Chỉ tiêu chất lượng và yếu tố hạn chế, dựa theo Quy chuẩn kỹ thuật quốc gia
• Bước 5: Trong thời gian 10 ngày làm việc, tính từ khi lấy mẫu, Cơ quan Kiểm tra Nhà nước sẽ công bố Thông báo Kết quả Kiểm tra Nhà nước về chất lượng đối với lô hàng phân bón nhập khẩu. Doanh nghiệp sẽ sử dụng Thông báo này để hoàn tất nốt thủ tục Hải Quan và lưu hành, kinh doanh. Nếu Thông báo kết quả KHÔNG ĐẠT yêu cầu, lô hàng sẽ bị xử lý theo quy định (bị buộc tái xuất hoặc tiêu hủy)

(*) Lưu ý: Phân bón nhập khẩu có thể được áp dụng Chế độ miễn giảm kiểm tra, nếu có cùng tên, mã số, đặc điểm, cơ sở sản xuất, nguồn gốc xuất xứ và đã có 3 lần liên tiếp có Kết quả thử nghiệm đạt yêu cầu nhập khẩu. Thời hạn được phép miễn giảm là 12 tháng.

Hướng dẫn từng bước đăng ký làm Kiểm tra Nhà nước về chất lượng đối với các loại phân bón 

>>> Xem thêm: Hướng dẫn chi tiết các bước thủ tục nhập khẩu thiết bị tưới tiêu

Kết luận

Việc hoàn thành thủ tục nhập khẩu phân bón không chỉ là kê khai Hải Quan mà còn là một quy trình kiểm soát chuyên ngành phức tạp, đặc biệt là bước xin Quyết định Công nhận lưu hành và đăng ký Kiểm tra Nhà nước về chất lượng. Nếu bạn vẫn còn đang băn khoăn về việc áp mã HS code, xác định thuế nhập khẩu hoặc cần hỗ trợ xử lý hàng hóa thông quan, đừng ngần ngại mà hãy liên hệ cho đội ngũ chuyên viên của Finlogistics để được tư vấn kịp thời nhé.

Finlogistics

Thông tin liên hệ:

• Hotline: 0243.68.55555
• Phone/Zalo: 0963.126.995 (Mrs.Loan)
• Email: info@fingroup.vn