Báo cáo quyết toán EPE doanh nghiệp chế xuất cần biết
- admin
- 04/06/2026
Báo cáo quyết toán EPE là nghiệp vụ quan trọng đối với doanh nghiệp chế xuất có hoạt động nhập khẩu nguyên vật liệu, sản xuất và xuất khẩu thành phẩm. Báo cáo này phản ánh tình hình nhập xuất tồn, định mức, nguyên vật liệu, thành phẩm, phế liệu, phế phẩm và hàng tồn kho trong kỳ báo cáo. Nếu số liệu giữa bộ phận xuất nhập khẩu, kế toán, kho và sản xuất không thống nhất, doanh nghiệp có thể gặp rủi ro khi giải trình hoặc kiểm tra sau thông quan. Bài viết dưới đây được đội ngũ Finlogistics biên soạn nhằm giúp doanh nghiệp hiểu rõ cách chuẩn bị báo cáo quyết toán EPE và những lỗi cần tránh trong quá trình thực hiện.
Báo cáo quyết toán EPE là gì?
Báo cáo quyết toán EPE là báo cáo phản ánh tình hình quản lý, sử dụng nguyên vật liệu, vật tư, bán thành phẩm, thành phẩm và hàng tồn kho của doanh nghiệp chế xuất trong một kỳ báo cáo nhất định. Báo cáo này được dùng để cơ quan Hải quan theo dõi việc sử dụng hàng hóa nhập khẩu, đối chiếu với sản phẩm xuất khẩu và đánh giá tính tuân thủ của doanh nghiệp.

Về bản chất, báo cáo quyết toán EPE không chỉ là một biểu mẫu nộp cho cơ quan Hải quan. Đây là hệ thống dữ liệu tổng hợp từ nhiều nguồn khác nhau như tờ khai hải quan, sổ kho, sổ kế toán, định mức sản xuất, phiếu nhập kho, phiếu xuất kho, lệnh sản xuất, hồ sơ tiêu hủy và các chứng từ xử lý phát sinh trong năm tài chính.
Thông tư 39/2018/TT-BTC là văn bản sửa đổi, bổ sung một số nội dung tại Thông tư 38/2015/TT-BTC về thủ tục hải quan, kiểm tra, giám sát hải quan, thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu và quản lý thuế đối với hàng hóa xuất nhập khẩu. Đây là nhóm văn bản quan trọng thường được doanh nghiệp tham chiếu khi thực hiện báo cáo quyết toán hải quan.
Doanh nghiệp chế xuất có phải nộp báo cáo quyết toán không?
Doanh nghiệp chế xuất có phát sinh hoạt động nhập khẩu nguyên vật liệu, sản xuất, xuất khẩu và quản lý hàng hóa theo chế độ hải quan cần thực hiện báo cáo quyết toán theo quy định áp dụng. Báo cáo thường được lập theo năm tài chính và gửi đến cơ quan Hải quan quản lý trực tiếp.

Doanh nghiệp cần lưu ý rằng thời hạn, biểu mẫu và cách thức nộp báo cáo có thể được sửa đổi, bổ sung theo từng giai đoạn. Vì vậy, trước mỗi kỳ báo cáo, doanh nghiệp nên đối chiếu lại quy định hiện hành và hướng dẫn của cơ quan Hải quan quản lý trực tiếp. Một số nguồn pháp lý cập nhật vẫn ghi nhận hệ thống biểu mẫu như 15/BCQT-NVL/GSQL và 15a/BCQT-SP/GSQL trong nội dung báo cáo quyết toán theo năm tài chính.
Với doanh nghiệp EPE, việc nộp báo cáo không nên xem là thủ tục cuối kỳ đơn thuần. Nếu dữ liệu trong năm không được quản lý tốt, doanh nghiệp rất dễ gặp chênh lệch khi tổng hợp số liệu, đặc biệt là ở các chỉ tiêu về tồn kho, định mức, phế liệu phế phẩm và sản phẩm xuất khẩu.
>>>> Xem thêm: Doanh nghiệp chế xuất là gì? Quy định và lưu ý cần biết
Báo cáo quyết toán EPE gồm những nội dung nào?
Một bộ báo cáo quyết toán EPE thường xoay quanh các nhóm dữ liệu chính: nguyên vật liệu, vật tư, thành phẩm, bán thành phẩm, định mức, phế liệu, phế phẩm và tồn kho cuối kỳ. Đây là những dữ liệu phản ánh toàn bộ chu trình từ nhập khẩu đầu vào đến sản xuất, xuất khẩu hoặc xử lý phát sinh.
Các nội dung doanh nghiệp cần kiểm soát gồm:
- Nguyên vật liệu nhập khẩu phục vụ sản xuất.
- Nguyên vật liệu mua nội địa nếu có liên quan đến hoạt động sản xuất của EPE.
- Thành phẩm xuất khẩu trong kỳ báo cáo.
- Bán thành phẩm nếu doanh nghiệp có quản lý trung gian trong sản xuất.
- Xuất nhập tồn hải quan theo từng mã nguyên liệu, mã sản phẩm.
- Định mức sản xuất và tỷ lệ hao hụt thực tế.
- Phế liệu, phế phẩm, hàng lỗi phát sinh trong quá trình sản xuất.
- Hàng tiêu hủy, thanh lý, chuyển tiêu thụ nội địa nếu có.
- Tồn kho cuối kỳ theo số liệu kho, kế toán và hồ sơ hải quan.
Trong đó, phần xuất nhập tồn và định mức thường là hai nhóm dữ liệu dễ phát sinh vướng mắc nhất. Nếu doanh nghiệp không kiểm soát từ đầu kỳ, việc rà soát vào cuối năm sẽ mất nhiều thời gian và dễ thiếu chứng từ giải trình.
Hồ sơ báo cáo quyết toán EPE gồm những gì?
Doanh nghiệp nên chuẩn bị hồ sơ theo từng nhóm để dễ kiểm soát và đối chiếu. Phần này nên được lưu trữ xuyên suốt trong năm, không nên chỉ thu thập khi gần đến hạn nộp báo cáo.
| Nhóm hồ sơ | Nội dung cần chuẩn bị |
|---|---|
| Hồ sơ hải quan | Tờ khai nhập khẩu, tờ khai xuất khẩu, chứng từ điều chỉnh nếu có |
| Hồ sơ kho | Phiếu nhập kho, phiếu xuất kho, thẻ kho, biên bản kiểm kê |
| Hồ sơ kế toán | Sổ chi tiết vật tư, sổ thành phẩm, sổ tài khoản liên quan |
| Hồ sơ sản xuất | Lệnh sản xuất, BOM, định mức, bảng tiêu hao nguyên vật liệu |
| Hồ sơ xử lý phát sinh | Hồ sơ tiêu hủy, thanh lý, bán nội địa, xử lý phế liệu phế phẩm |
| Biểu mẫu quyết toán | Báo cáo nguyên vật liệu, sản phẩm, định mức theo quy định áp dụng |
Ngoài các hồ sơ trên, doanh nghiệp nên lưu thêm invoice, packing list, hợp đồng, chứng từ vận chuyển, chứng từ giao nhận, hồ sơ kiểm kê, biên bản xử lý hàng lỗi và các văn bản giải trình nội bộ nếu có. Khi phát sinh kiểm tra sau thông quan, những chứng từ này có thể là căn cứ quan trọng để chứng minh tính hợp lý của số liệu.
Quy trình lập báo cáo quyết toán EPE
Bước 1 Tổng hợp dữ liệu nhập khẩu
Doanh nghiệp cần tập hợp toàn bộ tờ khai nhập khẩu nguyên vật liệu, vật tư, linh kiện, máy móc hoặc hàng hóa liên quan đến hoạt động sản xuất trong kỳ báo cáo. Dữ liệu nhập khẩu cần được đối chiếu với kho và kế toán để bảo đảm không thiếu tờ khai, không đưa nhầm tờ khai hủy hoặc tờ khai không thuộc kỳ báo cáo.
Ở bước này, doanh nghiệp cần kiểm tra kỹ mã nguyên liệu, tên hàng, đơn vị tính, số lượng, trị giá và loại hình nhập khẩu. Nếu một nguyên liệu có nhiều mã nội bộ khác nhau giữa xuất nhập khẩu, kho và kế toán, cần có bảng quy đổi rõ ràng.
Bước 2 Tổng hợp dữ liệu xuất khẩu
Doanh nghiệp tiếp tục tập hợp toàn bộ tờ khai xuất khẩu thành phẩm, bán thành phẩm, hàng tái xuất, hàng chuyển loại hình hoặc các nghiệp vụ xuất khác nếu có. Dữ liệu xuất khẩu cần đối chiếu với lệnh sản xuất, phiếu xuất kho và hồ sơ bán hàng.
Nếu thành phẩm xuất khẩu không khớp với sản lượng sản xuất hoặc không liên kết được với nguyên vật liệu đầu vào, doanh nghiệp có thể gặp khó khăn khi giải trình với cơ quan Hải quan.
Bước 3 Đối chiếu dữ liệu kho kế toán sản xuất
Đây là bước quan trọng nhất khi lập báo cáo quyết toán EPE. Doanh nghiệp cần đối chiếu dữ liệu giữa bộ phận kho, kế toán, xuất nhập khẩu và sản xuất.
Các điểm cần đối chiếu gồm tồn đầu kỳ, nhập trong kỳ, xuất trong kỳ, tồn cuối kỳ, mã nguyên liệu, mã sản phẩm, đơn vị tính, định mức và các nghiệp vụ xử lý phát sinh. Nếu phát hiện chênh lệch, doanh nghiệp cần xác định nguyên nhân trước khi lập báo cáo chính thức.
Bước 4 Rà soát định mức và xuất nhập tồn
Định mức là cơ sở để xác định lượng nguyên vật liệu cấu thành sản phẩm xuất khẩu. Khi rà soát định mức, doanh nghiệp cần kiểm tra BOM, tỷ lệ hao hụt, thay đổi quy trình sản xuất, thay đổi mã nguyên liệu và thay đổi thiết kế sản phẩm nếu có.
Thông tin từ ngành Hải quan cũng từng lưu ý rằng khi thực hiện báo cáo quyết toán, doanh nghiệp phải khai báo định mức thực tế tạo thành sản phẩm xuất khẩu. Vì vậy, định mức cần phản ánh đúng thực tế sản xuất và có hồ sơ chứng minh phù hợp.
Bước 5 Kiểm tra chênh lệch và chuẩn bị giải trình
Nếu số liệu có chênh lệch, doanh nghiệp không nên điều chỉnh cơ học để làm khớp báo cáo. Việc cần làm là xác định nguyên nhân chênh lệch và chuẩn bị chứng từ chứng minh. Chênh lệch có thể đến từ sai đơn vị tính, sai mã hàng, nhập thiếu tờ khai, lệch thời điểm ghi nhận, hao hụt thực tế, hàng lỗi, tiêu hủy hoặc bán nội địa.
Mỗi khoản chênh lệch cần có cơ sở giải trình rõ ràng. Nếu không chuẩn bị trước, doanh nghiệp có thể bị động khi cơ quan Hải quan yêu cầu làm rõ.
Bước 6 Lập và nộp báo cáo quyết toán
Sau khi dữ liệu đã được rà soát, doanh nghiệp lập báo cáo theo biểu mẫu áp dụng và nộp cho cơ quan Hải quan quản lý theo quy định. Trước khi nộp, nên kiểm tra lại toàn bộ chỉ tiêu, đơn vị tính, mã hàng, tồn cuối kỳ và sự thống nhất giữa báo cáo với hệ thống sổ sách.
Doanh nghiệp cũng nên lưu lại bản dữ liệu gốc, bản đã rà soát, biên bản kiểm tra nội bộ và hồ sơ giải trình chênh lệch. Đây là nền tảng quan trọng nếu phát sinh kiểm tra sau thông quan.
Những lỗi thường gặp khi lập báo cáo quyết toán EPE

Trong thực tế, nhiều sai sót khi lập báo cáo quyết toán EPE không đến từ quy định phức tạp, mà đến từ dữ liệu nội bộ chưa được chuẩn hóa. Các lỗi nhỏ lặp lại trong năm có thể tạo thành chênh lệch lớn vào cuối kỳ.
Một số lỗi thường gặp gồm:
- Thiếu tờ khai nhập khẩu hoặc tờ khai xuất khẩu.
- Đưa nhầm tờ khai đã hủy vào dữ liệu quyết toán.
- Sai mã nguyên vật liệu hoặc mã thành phẩm.
- Khác đơn vị tính giữa kho, kế toán và hải quan.
- Định mức không sát thực tế sản xuất.
- Không cập nhật thay đổi BOM hoặc thay đổi quy trình sản xuất.
- Không theo dõi riêng phế liệu, phế phẩm, hàng lỗi.
- Không xử lý đúng hồ sơ hàng tiêu hủy, thanh lý hoặc bán nội địa.
- Tồn kho thực tế không khớp số liệu báo cáo.
- Thiếu hồ sơ giải trình khi phát sinh chênh lệch.
Những lỗi này có thể khiến doanh nghiệp phải giải trình nhiều lần, kéo dài thời gian xử lý hồ sơ hoặc bị đưa vào diện kiểm tra sâu hơn.
>>> Xem thêm: Khu chế xuất là gì? Đặc điểm, thủ tục hải quan và thuế
Cách hạn chế rủi ro khi lập báo cáo quyết toán EPE
Doanh nghiệp nên quản lý báo cáo quyết toán EPE như một quy trình xuyên suốt, không phải công việc chỉ thực hiện vào cuối năm tài chính. Việc rà soát định kỳ theo tháng hoặc quý giúp phát hiện sớm sai lệch và giảm áp lực khi đến kỳ nộp báo cáo.
Một giải pháp quan trọng là thống nhất mã hàng giữa các bộ phận. Nếu xuất nhập khẩu dùng mã theo tờ khai, kho dùng mã ERP, kế toán dùng mã tài khoản và sản xuất dùng mã BOM, doanh nghiệp cần có bảng mapping để liên kết các hệ thống này.
Doanh nghiệp cũng cần chuẩn hóa đơn vị tính. Ví dụ, cùng một nguyên liệu có thể được quản lý theo kg trên tờ khai, theo cuộn trong kho và theo mét trong sản xuất. Nếu không có quy đổi rõ ràng, số liệu xuất nhập tồn sẽ rất dễ sai lệch.
Ngoài ra, định mức cần được cập nhật theo thực tế sản xuất. Khi có thay đổi nguyên liệu, thay đổi thiết kế sản phẩm, thay đổi công đoạn hoặc thay đổi tỷ lệ hao hụt, bộ phận sản xuất cần phối hợp với xuất nhập khẩu và kế toán để cập nhật dữ liệu kịp thời.
Mối liên hệ giữa báo cáo quyết toán EPE và kiểm tra sau thông quan
Báo cáo quyết toán EPE là một trong những cơ sở quan trọng để cơ quan Hải quan đánh giá mức độ tuân thủ của doanh nghiệp chế xuất. Nếu số liệu nhập – xuất – tồn, định mức, phế liệu phế phẩm hoặc tồn kho có dấu hiệu bất hợp lý, doanh nghiệp có thể phải giải trình hoặc chuẩn bị hồ sơ phục vụ kiểm tra sau thông quan.

Khi kiểm tra, cơ quan Hải quan thường không chỉ nhìn vào báo cáo đã nộp. Doanh nghiệp có thể được yêu cầu cung cấp thêm tờ khai, sổ kho, sổ kế toán, định mức, lệnh sản xuất, hồ sơ tiêu hủy, hồ sơ thanh lý, chứng từ chuyển tiêu thụ nội địa và các tài liệu giải trình liên quan.
Do đó, doanh nghiệp cần bảo đảm rằng số liệu báo cáo có thể truy xuất ngược về từng nguồn dữ liệu. Một báo cáo nhìn có vẻ khớp số nhưng không có hồ sơ chứng minh vẫn có thể tạo rủi ro khi kiểm tra.
Lưu ý riêng cho doanh nghiệp chế xuất khi lập báo cáo quyết toán
Với doanh nghiệp chế xuất, hàng hóa đưa vào và đưa ra doanh nghiệp được quản lý chặt chẽ theo chế độ hải quan. Vì vậy, dữ liệu báo cáo quyết toán cần thể hiện rõ mối liên hệ giữa nguyên liệu nhập khẩu, sản xuất, thành phẩm xuất khẩu, hàng tồn kho và các nghiệp vụ xử lý phát sinh.
Doanh nghiệp cần lưu ý các nghiệp vụ như hàng bán vào nội địa, hàng tiêu hủy, hàng thanh lý, hàng chuyển mục đích sử dụng, hàng gửi gia công lại, hàng lỗi trả về hoặc hàng thay thế. Những nghiệp vụ này cần được theo dõi riêng và có hồ sơ đầy đủ.
Nếu doanh nghiệp chỉ quản lý dữ liệu theo hệ thống kế toán hoặc kho nội bộ mà không có bảng đối chiếu với dữ liệu hải quan, việc giải trình sẽ khó khăn hơn. Vì vậy, EPE nên xây dựng quy trình đối chiếu định kỳ giữa xuất nhập khẩu, kế toán, kho và sản xuất.
Finlogistics hỗ trợ báo cáo quyết toán EPE như thế nào?
Finlogistics hỗ trợ doanh nghiệp chế xuất rà soát dữ liệu báo cáo quyết toán EPE, kiểm tra xuất nhập tồn, đối chiếu tờ khai nhập khẩu và xuất khẩu, kiểm tra mã nguyên vật liệu, mã sản phẩm và rà soát định mức sản xuất.
Các hạng mục hỗ trợ gồm:
- Rà soát dữ liệu xuất nhập tồn EPE.
- Đối chiếu tờ khai nhập khẩu và xuất khẩu.
- Kiểm tra mã nguyên vật liệu, mã sản phẩm.
- Rà soát định mức sản xuất.
- Kiểm tra chênh lệch giữa kho, kế toán, hải quan.
- Tư vấn hồ sơ phế liệu, phế phẩm, tiêu hủy, thanh lý.
- Hỗ trợ lập báo cáo quyết toán.
- Chuẩn bị hồ sơ giải trình khi kiểm tra sau thông quan.
Với kinh nghiệm hỗ trợ doanh nghiệp EPE, SXXK và gia công, Finlogistics có thể đồng hành cùng doanh nghiệp trong việc chuẩn hóa dữ liệu, giảm rủi ro báo cáo quyết toán và nâng cao năng lực tuân thủ hải quan.
>>> Xem ngay:
Vận chuyển đường hàng không quốc tế
FAQ về báo cáo quyết toán EPE
Báo cáo quyết toán EPE là gì?
Báo cáo quyết toán EPE là báo cáo phản ánh tình hình nhập khẩu, sử dụng, xuất khẩu và tồn kho nguyên vật liệu, vật tư, bán thành phẩm, thành phẩm của doanh nghiệp chế xuất trong kỳ báo cáo.
Doanh nghiệp chế xuất có phải nộp báo cáo quyết toán không?
Có. Doanh nghiệp chế xuất có hoạt động sản xuất, nhập khẩu nguyên vật liệu và xuất khẩu thành phẩm cần thực hiện báo cáo quyết toán theo quy định hải quan áp dụng.
Báo cáo quyết toán EPE gồm những dữ liệu nào?
Báo cáo thường gồm dữ liệu nguyên vật liệu, thành phẩm, xuất nhập tồn, định mức, phế liệu phế phẩm, hàng tiêu hủy, hàng thanh lý, hàng bán nội địa nếu có và tồn kho cuối kỳ.
Vì sao báo cáo quyết toán EPE bị chênh lệch?
Nguyên nhân thường do sai mã hàng, khác đơn vị tính, thiếu tờ khai, đưa nhầm tờ khai hủy, định mức chưa cập nhật, chưa theo dõi phế liệu phế phẩm hoặc dữ liệu kho, kế toán, sản xuất không thống nhất.
Doanh nghiệp nên rà soát báo cáo quyết toán EPE khi nào?
Doanh nghiệp nên rà soát định kỳ theo tháng hoặc quý, không nên chờ đến cuối năm tài chính. Việc kiểm tra sớm giúp phát hiện chênh lệch và chuẩn bị hồ sơ giải trình kịp thời.
Finlogistics có hỗ trợ báo cáo quyết toán EPE không?
Có. Finlogistics hỗ trợ rà soát dữ liệu, kiểm tra chênh lệch, lập báo cáo quyết toán và chuẩn bị hồ sơ giải trình cho doanh nghiệp chế xuất.
Kết luận
Báo cáo quyết toán EPE là nghiệp vụ quan trọng đối với doanh nghiệp chế xuất, đặc biệt là các doanh nghiệp có nhiều mã nguyên vật liệu, nhiều sản phẩm, nhiều công đoạn sản xuất hoặc thường xuyên phát sinh nghiệp vụ tiêu hủy, thanh lý, bán nội địa. Việc quản lý tốt dữ liệu xuất nhập tồn, định mức, phế liệu phế phẩm và hồ sơ hải quan sẽ giúp doanh nghiệp giảm rủi ro khi giải trình hoặc kiểm tra sau thông quan.
Nếu doanh nghiệp đang gặp khó khăn trong quá trình lập báo cáo quyết toán EPE, rà soát số liệu hoặc chuẩn bị hồ sơ giải trình, Finlogistics có thể hỗ trợ kiểm tra dữ liệu và tư vấn phương án phù hợp theo hồ sơ thực tế. Liên hệ Finlogistics để được đội ngũ chuyên viên hỗ trợ chi tiết.