Hồ sơ báo cáo quyết toán hải quan theo Thông tư 39
- admin
- 19/06/2026
Hồ sơ báo cáo quyết toán hải quan là bộ tài liệu quan trọng giúp doanh nghiệp chứng minh số liệu nhập khẩu, sản xuất, xuất khẩu và tồn kho với cơ quan Hải quan. Nếu hồ sơ không khớp giữa tờ khai, sổ kho, sổ kế toán, BOM, định mức và báo cáo nhập xuất tồn, doanh nghiệp có thể bị yêu cầu giải trình hoặc đối mặt với rủi ro khi kiểm tra sau thông quan. Bài viết dưới đây được đội ngũ Finlogistics biên soạn nhằm giúp doanh nghiệp nắm rõ hồ sơ cần chuẩn bị, lỗi thường gặp và cách rà soát trước khi nộp báo cáo quyết toán hải quan.
Hồ sơ báo cáo quyết toán hải quan là gì?
Hồ sơ báo cáo quyết toán hải quan là tập hợp số liệu, chứng từ và tài liệu quản lý nội bộ được dùng để lập, đối chiếu và giải trình báo cáo quyết toán với cơ quan Hải quan. Hồ sơ này không chỉ là biểu mẫu nộp trên hệ thống, mà còn bao gồm toàn bộ dữ liệu nền như sổ kho, sổ kế toán, tờ khai xuất nhập khẩu, BOM, định mức, phiếu nhập xuất kho, hồ sơ sản xuất và chứng từ xử lý phế liệu, phế phẩm.
Doanh nghiệp không nên hiểu hồ sơ báo cáo quyết toán chỉ là “file nộp Hải quan”. Phần quan trọng nhất nằm ở khả năng chứng minh số liệu đã kê khai. Khi cơ quan Hải quan yêu cầu giải trình, doanh nghiệp cần cho thấy số liệu trên báo cáo được hình thành từ đâu, có khớp với chứng từ kho, kế toán, sản xuất và tờ khai hay không.
Thông tư 39/2018/TT-BTC là văn bản sửa đổi, bổ sung Thông tư 38/2015/TT-BTC về thủ tục hải quan, kiểm tra, giám sát hải quan và quản lý thuế đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu; văn bản này có hiệu lực từ ngày 05/06/2018.
Doanh nghiệp nào cần chuẩn bị hồ sơ báo cáo quyết toán hải quan?
Nhóm doanh nghiệp thường phải chuẩn bị hồ sơ báo cáo quyết toán hải quan là các doanh nghiệp có hoạt động nhập khẩu nguyên liệu, vật tư để sản xuất hàng xuất khẩu hoặc gia công cho thương nhân nước ngoài. Với doanh nghiệp chế xuất, hồ sơ báo cáo quyết toán càng cần được quản lý chặt vì dữ liệu nhập, xuất, tồn thường liên quan trực tiếp đến nguyên liệu miễn thuế, sản phẩm xuất khẩu, phế liệu, phế phẩm và hàng tồn kho cuối kỳ.
Các nhóm doanh nghiệp cần đặc biệt lưu ý gồm:
- Doanh nghiệp gia công cho thương nhân nước ngoài
- Doanh nghiệp sản xuất xuất khẩu
- Doanh nghiệp chế xuất
- Doanh nghiệp có nguyên liệu, vật tư nhập khẩu để sản xuất hàng xuất khẩu
- Doanh nghiệp có phát sinh phế liệu, phế phẩm, nguyên liệu dư thừa hoặc thay đổi mục đích sử dụng
Tùy loại hình thực tế, doanh nghiệp cần kiểm tra lại hồ sơ hải quan đã đăng ký, hoạt động sản xuất trong kỳ và hướng dẫn của Chi cục Hải quan quản lý để xác định phạm vi báo cáo phù hợp.
>>> Xem thêm: Commercial Invoice là gì? Hướng dẫn chuẩn hóa hóa đơn thương mại 2026
Hồ sơ báo cáo quyết toán hải quan gồm những gì?
Một bộ hồ sơ báo cáo quyết toán hải quan đầy đủ cần phản ánh được toàn bộ quá trình từ nhập khẩu nguyên liệu, đưa vào sản xuất, xuất khẩu thành phẩm, xử lý hao hụt, phế liệu, phế phẩm đến tồn kho cuối kỳ. Doanh nghiệp nên chuẩn bị hồ sơ theo từng nhóm để dễ rà soát và giải trình.
| Nhóm hồ sơ | Nội dung cần chuẩn bị |
|---|---|
| Biểu mẫu báo cáo quyết toán | Các mẫu báo cáo quyết toán áp dụng theo loại hình và phát sinh thực tế |
| Tờ khai hải quan | Tờ khai nhập khẩu nguyên liệu, tờ khai xuất khẩu sản phẩm, tờ khai chuyển mục đích nếu có |
| Sổ kho | Số liệu nhập, xuất, tồn nguyên liệu, vật tư, sản phẩm, phế liệu, phế phẩm |
| Sổ kế toán | Tài khoản kho, giá trị tồn kho, chứng từ kế toán liên quan |
| BOM và định mức | Định mức thực tế, tỷ lệ hao hụt, phiên bản BOM, mã nguyên liệu, mã sản phẩm |
| Hồ sơ sản xuất | Lệnh sản xuất, phiếu xuất nguyên liệu, phiếu nhập thành phẩm, bảng phân bổ tiêu hao |
| Chứng từ mua bán | Hợp đồng, invoice, packing list, vận đơn, chứng từ thanh toán |
| Hồ sơ phế liệu phế phẩm | Biên bản phân loại, tiêu hủy, bán nội địa hoặc xử lý phế liệu phế phẩm nếu có |
| Hồ sơ kiểm kê | Biên bản kiểm kê cuối kỳ, bảng đối chiếu tồn kho thực tế và sổ sách |
| Hồ sơ giải trình | Bảng đối chiếu chênh lệch, nguyên nhân sai lệch, tài liệu chứng minh |
Trong thực tế, hồ sơ càng được chuẩn hóa theo mã nguyên liệu, mã sản phẩm, đơn vị tính và nguồn nhập khẩu thì quá trình lập báo cáo càng ít sai lệch. Ngược lại, nếu mỗi bộ phận dùng một mã hàng khác nhau, dữ liệu báo cáo rất dễ bị lệch giữa kho, kế toán, sản xuất và hải quan.
>>> Xem thêm: 5 lỗi sai phổ biến trên packing list khiến hàng hóa bị kẹt tại cảng và cách xử lý
Các mẫu báo cáo quyết toán hải quan thường gặp
Theo hệ thống biểu mẫu được sử dụng trong báo cáo quyết toán sau khi Thông tư 39/2018/TT-BTC sửa đổi, bổ sung Thông tư 38/2015/TT-BTC, doanh nghiệp có thể gặp các mẫu liên quan đến nguyên liệu, vật tư, sản phẩm và định mức thực tế. Các biểu mẫu này cần được xác định theo loại hình hoạt động và phát sinh thực tế của doanh nghiệp.
| Mẫu biểu | Nội dung chính |
|---|---|
| Mẫu 15/BCQT-NVL/GSQL | Báo cáo nhập xuất tồn nguyên liệu, vật tư |
| Mẫu 15a/BCQT-SP/GSQL | Báo cáo nhập xuất tồn sản phẩm |
| Mẫu 15b/BCQT-NLVTNN/GSQL | Báo cáo nguyên liệu, vật tư nhập khẩu nhưng không sử dụng để sản xuất hàng xuất khẩu |
| Mẫu 15c/BCQT-SPNN/GSQL | Báo cáo sản phẩm nhập kho nhưng không xuất khẩu |
| Mẫu 16/DMTT-GSQL | Báo cáo định mức thực tế sản phẩm xuất khẩu |
Doanh nghiệp cần lưu ý rằng biểu mẫu chỉ là phần thể hiện số liệu cuối cùng. Để số liệu trên mẫu có giá trị giải trình, doanh nghiệp phải lưu được hồ sơ nền chứng minh cách tổng hợp dữ liệu.
Số liệu nào cần đối chiếu trước khi lập báo cáo quyết toán?
Trước khi lập hồ sơ báo cáo quyết toán hải quan, doanh nghiệp cần đối chiếu dữ liệu theo từng nhóm. Mục tiêu không chỉ là tính ra số tồn cuối kỳ, mà còn phải bảo đảm số liệu có logic giữa nhập khẩu, sản xuất, xuất khẩu và tồn kho.
Đối chiếu tờ khai nhập khẩu với sổ kho
Doanh nghiệp cần kiểm tra số lượng nguyên liệu nhập khẩu, mã hàng, đơn vị tính, ngày nhập kho và nguồn nhập. Nếu tờ khai đã thông quan nhưng kho chưa ghi nhận, hoặc kho ghi nhận bằng mã nội bộ khác nhưng không có bảng quy đổi, số liệu báo cáo có thể bị lệch.
Đối chiếu tờ khai xuất khẩu với nhập kho thành phẩm
Sản phẩm xuất khẩu cần được đối chiếu với phiếu nhập thành phẩm, phiếu xuất kho, lệnh sản xuất và tờ khai xuất khẩu. Việc này giúp doanh nghiệp kiểm tra sản phẩm đã xuất có được hình thành từ nguyên liệu nhập khẩu trong kỳ hay không.
Đối chiếu BOM định mức với tiêu hao thực tế
BOM và định mức thực tế là dữ liệu quan trọng để xác định lượng nguyên liệu đã tiêu hao cho từng sản phẩm xuất khẩu. Doanh nghiệp cần kiểm tra mã nguyên liệu, mã sản phẩm, tỷ lệ hao hụt và phiên bản BOM áp dụng trong kỳ. Nếu BOM không cập nhật theo thực tế sản xuất, báo cáo quyết toán có thể không phản ánh đúng lượng nguyên liệu đã sử dụng.
Đối chiếu sổ kho với sổ kế toán
Sổ kho phản ánh số lượng hàng hóa, còn sổ kế toán thường phản ánh cả số lượng và giá trị. Hai hệ thống này cần được đối chiếu trước khi lập báo cáo. Chênh lệch giữa kho và kế toán thường phát sinh do nhập xuất chưa ghi nhận kịp thời, điều chỉnh kho, sai đơn vị tính hoặc chưa cập nhật kết quả kiểm kê.
Đối chiếu phế liệu, phế phẩm và nguyên liệu dư thừa
Phế liệu, phế phẩm, nguyên liệu dư thừa hoặc hàng chuyển mục đích sử dụng cần có hồ sơ xử lý rõ ràng. Nếu doanh nghiệp có phát sinh nhưng không lưu biên bản, chứng từ tiêu hủy, bán nội địa hoặc hồ sơ khai báo liên quan, đây có thể trở thành điểm rủi ro khi giải trình báo cáo quyết toán.
>>> Xem thêm: Kiểm tra sau thông quan và những điều doanh nghiệp cần biết
Lỗi hồ sơ báo cáo quyết toán hải quan thường gặp
Các lỗi trong hồ sơ báo cáo quyết toán hải quan thường không xuất hiện ở một biểu mẫu riêng lẻ, mà đến từ quá trình quản lý dữ liệu chưa đồng bộ giữa các bộ phận. Doanh nghiệp cần chú ý các lỗi sau:
- Số liệu nhập xuất tồn không khớp giữa sổ kho và sổ kế toán
- Mã nguyên liệu, mã sản phẩm không thống nhất giữa tờ khai và ERP
- Sai đơn vị tính hoặc không có bảng quy đổi
- BOM không cập nhật theo thực tế sản xuất
- Định mức hao hụt không có căn cứ giải trình
- Thiếu hồ sơ xử lý phế liệu, phế phẩm
- Tồn kho thực tế khác tồn kho báo cáo nhưng không có biên bản kiểm kê
- Không lưu hồ sơ giải trình chênh lệch
- Dữ liệu báo cáo được tổng hợp thủ công, thiếu file nguồn để đối chiếu
Trong đó, lỗi về BOM, định mức, xuất nhập tồn và sổ kho kế toán thường ảnh hưởng trực tiếp đến khả năng giải trình của doanh nghiệp. Nếu không xử lý từ sớm, các sai lệch nhỏ có thể tích tụ qua nhiều kỳ báo cáo và gây khó khăn khi kiểm tra sau thông quan.
Quy trình chuẩn bị hồ sơ báo cáo quyết toán hải quan
Doanh nghiệp nên chuẩn bị hồ sơ theo quy trình rõ ràng, có phân công trách nhiệm giữa bộ phận xuất nhập khẩu, kho, kế toán và sản xuất. Quy trình dưới đây có thể dùng như khung rà soát nội bộ trước khi nộp báo cáo.
Bước 1: Xác định loại hình và phạm vi báo cáo
Doanh nghiệp cần xác định kỳ báo cáo, loại hình hải quan phát sinh và nhóm hàng cần tổng hợp. Đây là bước nền để xác định doanh nghiệp phải báo cáo nguyên liệu, vật tư, sản phẩm, định mức hay các phát sinh đặc biệt khác.
Bước 2: Thu thập dữ liệu tờ khai và chứng từ kho
Ở bước này, doanh nghiệp tổng hợp tờ khai nhập khẩu, tờ khai xuất khẩu, phiếu nhập kho, phiếu xuất kho, dữ liệu ERP và chứng từ sản xuất. Dữ liệu nên được thống nhất theo mã hàng, đơn vị tính và nguồn nhập để tránh lệch số liệu khi tổng hợp.
Bước 3: Rà soát BOM định mức và tiêu hao thực tế
Doanh nghiệp cần kiểm tra định mức, mã nguyên liệu, mã sản phẩm, tỷ lệ hao hụt và phiên bản BOM áp dụng trong kỳ. Nếu có thay đổi quy trình sản xuất hoặc thay đổi nguyên vật liệu, cần bảo đảm BOM đã được cập nhật và có căn cứ lưu hồ sơ.
Bước 4: Đối chiếu số liệu nhập xuất tồn
Số liệu hải quan, sổ kho, sổ kế toán và kiểm kê thực tế cần được đối chiếu trước khi lập báo cáo. Nếu phát hiện chênh lệch, doanh nghiệp không nên điều chỉnh vội theo số cuối kỳ mà cần xác định nguyên nhân và lập hồ sơ giải trình.
Bước 5: Lập bảng giải trình chênh lệch
Bảng giải trình nên thể hiện rõ chênh lệch phát sinh ở đâu, nguyên nhân là gì và tài liệu nào chứng minh. Với các sai lệch liên quan đến định mức, hao hụt, phế liệu hoặc phế phẩm, doanh nghiệp cần chuẩn bị thêm hồ sơ sản xuất và hồ sơ xử lý tương ứng.
Bước 6: Hoàn thiện biểu mẫu và lưu hồ sơ nền
Sau khi dữ liệu đã được kiểm tra, doanh nghiệp hoàn thiện biểu mẫu báo cáo quyết toán. Đồng thời, toàn bộ hồ sơ nền cần được lưu theo kỳ báo cáo, mã hàng, nhà cung cấp, tờ khai hoặc mã sản phẩm để thuận tiện khi giải trình.
Hồ sơ báo cáo quyết toán và rủi ro kiểm tra sau thông quan
Hồ sơ báo cáo quyết toán hải quan không chỉ phục vụ kỳ nộp báo cáo mà còn là dữ liệu quan trọng khi cơ quan Hải quan thực hiện kiểm tra sau thông quan. Nếu báo cáo có chênh lệch lớn, doanh nghiệp không giải trình được BOM, định mức, tồn kho, phế liệu phế phẩm hoặc số liệu giữa kho và kế toán, rủi ro bị yêu cầu bổ sung hồ sơ sẽ tăng lên.
Từ năm 2026, doanh nghiệp cũng cần lưu ý quy trình kiểm tra sau thông quan mới theo Quyết định 2123/QĐ-CHQ ngày 30/12/2025, được công bố có hiệu lực từ ngày 01/02/2026. Việc này càng cho thấy doanh nghiệp nên chủ động tự rà soát hồ sơ trước kỳ nộp, thay vì chỉ tổng hợp số liệu vào sát hạn báo cáo.
Một bộ hồ sơ tốt cần trả lời được ba câu hỏi: số liệu đến từ đâu, số liệu có khớp giữa các bộ phận không và doanh nghiệp có tài liệu chứng minh khi Hải quan yêu cầu hay không. Nếu không trả lời được ba câu hỏi này, doanh nghiệp cần rà soát lại trước khi nộp báo cáo.
Finlogistics hỗ trợ hồ sơ báo cáo quyết toán hải quan như thế nào?
Finlogistics hỗ trợ doanh nghiệp rà soát và chuẩn hóa hồ sơ báo cáo quyết toán hải quan, bao gồm tờ khai, sổ kho, sổ kế toán, BOM, định mức, dữ liệu xuất nhập tồn, hồ sơ phế liệu phế phẩm và bảng giải trình chênh lệch.
Các hạng mục hỗ trợ gồm:
- Rà soát hồ sơ báo cáo quyết toán theo từng loại hình.
- Đối chiếu số liệu tờ khai với sổ kho và sổ kế toán.
- Kiểm tra BOM, định mức, hao hụt và tiêu hao thực tế.
- Chuẩn hóa mã nguyên liệu, mã sản phẩm và đơn vị tính.
- Lập checklist hồ sơ cần lưu.
- Hỗ trợ chuẩn bị hồ sơ giải trình khi có yêu cầu từ Hải quan.
Với kinh nghiệm trong thủ tục hải quan, báo cáo quyết toán, kiểm tra sau thông quan và quản lý dữ liệu xuất nhập tồn, Finlogistics có thể hỗ trợ doanh nghiệp tại Hà Nội, Hải Phòng, Bắc Ninh, Hưng Yên, TP.HCM và các khu công nghiệp lớn rà soát hồ sơ theo từng trường hợp thực tế.
>>> Xem ngay:
Vận chuyển đường hàng không quốc tế
FAQ về hồ sơ báo cáo quyết toán hải quan
Hồ sơ báo cáo quyết toán hải quan gồm những gì?
Hồ sơ báo cáo quyết toán hải quan thường gồm biểu mẫu báo cáo quyết toán, tờ khai nhập xuất, sổ kho, sổ kế toán, BOM, định mức, hồ sơ sản xuất, chứng từ xử lý phế liệu phế phẩm, biên bản kiểm kê và bảng giải trình chênh lệch nếu có.
Doanh nghiệp nào phải chuẩn bị hồ sơ báo cáo quyết toán hải quan?
Các doanh nghiệp gia công, sản xuất xuất khẩu, doanh nghiệp chế xuất và doanh nghiệp có nguyên liệu, vật tư nhập khẩu để sản xuất hàng xuất khẩu thường cần chuẩn bị hồ sơ này. Doanh nghiệp nên kiểm tra theo loại hình thực tế và hướng dẫn của Chi cục Hải quan quản lý.
Hồ sơ báo cáo quyết toán có phải chỉ là file nộp Hải quan không?
Không. File nộp Hải quan chỉ là phần biểu mẫu. Doanh nghiệp cần lưu hồ sơ nền như tờ khai, sổ kho, sổ kế toán, BOM, định mức, phiếu nhập xuất kho và tài liệu giải trình để chứng minh số liệu đã nộp.
BOM và định mức có cần trong hồ sơ báo cáo quyết toán không?
Có. BOM và định mức là dữ liệu quan trọng để đối chiếu lượng nguyên liệu tiêu hao với sản phẩm xuất khẩu. Đây cũng là nhóm dữ liệu thường được rà soát khi doanh nghiệp cần giải trình số liệu báo cáo quyết toán.
Lỗi hồ sơ báo cáo quyết toán nào thường gặp nhất?
Các lỗi phổ biến gồm lệch số liệu giữa sổ kho và sổ kế toán, sai mã nguyên liệu, sai đơn vị tính, BOM không cập nhật, thiếu căn cứ hao hụt và không lưu hồ sơ xử lý phế liệu, phế phẩm.
Finlogistics có hỗ trợ rà soát hồ sơ báo cáo quyết toán không?
Có. Finlogistics hỗ trợ doanh nghiệp rà soát hồ sơ, đối chiếu số liệu, kiểm tra BOM định mức, chuẩn hóa xuất nhập tồn và chuẩn bị hồ sơ giải trình theo từng trường hợp thực tế.
Kết luận
Hồ sơ báo cáo quyết toán hải quan là nền tảng để doanh nghiệp chứng minh tính chính xác của số liệu nhập khẩu, sản xuất, xuất khẩu và tồn kho. Một báo cáo được lập đúng biểu mẫu nhưng thiếu hồ sơ nền vẫn có thể khiến doanh nghiệp gặp khó khăn khi giải trình.
Doanh nghiệp nên chuẩn hóa dữ liệu từ đầu kỳ, kiểm tra định kỳ giữa tờ khai, sổ kho, sổ kế toán, BOM, định mức và kiểm kê thực tế. Nếu doanh nghiệp cần rà soát lại hồ sơ báo cáo quyết toán hải quan, chuẩn hóa số liệu xuất nhập tồn hoặc chuẩn bị hồ sơ giải trình trước kiểm tra sau thông quan, Finlogistics có thể hỗ trợ tư vấn theo từng hồ sơ thực tế.
